Organi Fakultete za pravo in ekonomijo bdijo nad izvajanjem vseh ključnih procesov na Fakulteti za pravo in ekonomijo. Procesni diagram fakultete je skrčeno prikazan na na spodnji sliki in sledi načelom vitkega upravljanja in načelom poslovne odličnosti. Načela so natančno opredeljena v Pravilniku o kakovosti Fakultete za pravo in ekonomijo.
Delovanje organov Fakultete za pravo in ekonomijo je opredeljeno s Statutom, ki ga najdete med pravnimi in študijskimi akti.